Mười hai năm trước khi bộ truyện này bắt đầu, con Hồ Ly Chín Đuôi đã tấn công ngôi làng ninja làng Lá (木ノ葉隠れ, Konohagakure?). Đủ sức mạnh để khiến sóng thần nổi dậy và san bằng núi non chỉ với một trong số chín cái đuôi của nó, nó đã gây nên sự hỗn loạn tột cùng và giết chóc nhiều người, cho tới khi người lãnh đạo của làng Lá – ngài Hokage Đệ Tứ (Namikaze Minato) đã hi sinh để phong ấn con quái vật bằng thuật cấm: Kin Jutsu Ogi! "Shiki Fuin" (Thi Quỷ Phong Tận - Một thuật cấm phải đánh đổi bằng tính mạng) vào người con trai mình Naruto khi cậu ta mới sinh. Hokage Đệ Tứ, người được vinh danh vì đã phong ấn con yêu hồ li, mong muốn Naruto được người dân tôn trọng vì đã là thân xác chứa đựng con quái vật.

Dù vậy, làng Lá lại xa lánh cậu ta, đối xử với Naruto như chính cậu ta là con yêu hồ và ngược đãi cậu trong suốt thời thơ ấu của cậu, đến mức Naruto đã từng phải bật khóc. Một quy định được ban ra từ Hokage Đệ Tam đã ngăn cấm mọi người không được bàn luận hay đề cập đến vụ tấn công của con yêu hồ với bất kì ai, thậm chí cả con cái mình. Dù sao, điều này không ngăn cản họ khỏi việc đối xử với cậu ta như một kẻ ngoài lề và vì vậy cậu lớn lên mồ côi, không có bạn bè, gia đình, hay sự thừa nhận nào. Cậu ta không thể bắt mọi người làm bạn với cậu, vậy nên cậu tìm ra cách được công nhận và chú ý duy nhất – qua các trò phá phách và nghịch ngợm.

Tuy nhiên, điều đó đã thay đổi khi Naruto tốt nghiệp Học viện Ninja bằng cách sử dụng Ảnh Phân Thân Chi Thuật (Kage Bushin No Jutsu) (một thuật cậu học từ một ống cuộn cấm mà cậu ta bị lừa lấy cắp) để cứu thầy giáo mình, Umino Iruka, từ tên ninja phản bội Mizuki. Vụ chạm trán đó đã cho Naruto biết 2 điều: rằng cậu là người chứa đựng Cửu Vĩ - Hồ ly chín đuôi và còn có người ngoài Hokage Đệ Tam thật sự quan tâm cậu ta. Việc cậu tốt nghiệp từ học viện đã mở ra một cánh cửa dẫn tới những sự kiện và con người sẽ thay đổi và định nghĩa lại thế giới của cậu, trong đó có cả đạo ninja đến suốt đời của cậu.[7]

Câu chuyện chính bám theo sự trưởng thành và tiến bộ của Naruto và bạn cậu khi làm ninja, và nhấn mạnh mối quan hệ giữa họ và sự ảnh hưởng của quá khứ đến tính cách họ. Naruto tìm được hai người bạn đồng hành là Uchiha Sasuke và Haruno Sakura, hai ninja trẻ cùng trang lứa được chỉ định cùng với cậu ta lập thành một đội 3 người dưới sự giám sát của một giáo viên (先生 (sensei, 先生?) kinh nghiệm tên là Hatake Kakashi.[8] Naruto cũng gặp gỡ nhiều nhân vật khác trong bộ truyện. Họ học các chiêu thức mới, tìm hiểu nhau và các ngôi làng khác. Trong suốt cốt truyện của Naruto, sự nhấn mạnh lên mức tiến bộ của nhân vật làm thay đổi cốt truyện, với rất ít sự kiện ngẫu nhiên. Lúc đầu, sự nhấn mạnh được đặt lên Naruto, Sasuke, và Sakura, những thành viên của Đội 7. Tuy vậy, những nhân vật khác dần dần phát triển, như Kakashi, Tsunade, và Jiraiya, cũng như những người cùng trang lứa với Naruto ở làng khác. Vài nhân vật ác cũng tham gia câu chuyện, đầu tiên là Momochi Zabuza, một ninja chạy trốn từ Làng Sương Mù, và bạn đồng hành, Haku. Về sau, trong Kỳ thi Ninja Trung Đẳng, Orochimaru, một ninja chạy trốn hạng S đứng đầu danh sách truy nã của Mộc Diệp Thôn, và cánh tay phải trung thành của hắn, Yakushi Kabuto, được giới thiệu. Trong cùng phần này, ba ninja được biết đến với cái tên Chị em Cát được giới thiệu. Những chị em này đến từ làng Cát và bao gồm Temari, Kankuro, và Gaara. Bắt đầu phần II, người bạn thân của Naruto, Uchiha Sasuke rời bỏ làng lá theo Orochimaru, Naruto quyết định đem Sasuke quay về bằng chính sức lực của mình. Câu chuyện diễn biến phức tạp từ đây, một tổ chức bí ẩn có tên Akatsuki bắt đầu truy đuổi Naruto để lấy đi con Cửu Vĩ Hồ Ly được phong ấn bên trong cậu ta.

Dù đã kết thúc khá lâu nhưng những tranh cãi về cái kết của Naruto chưa bao giờ có dấu hiệu dừng lại. Theo đó, hầu hết người hâm mộ đều tỏ ra thất vọng sau khi đọc chap 700, khi những nút thắt trong truyện được giải quyết một cách quá chóng vánh và vô lý, dường như chiến thắng của phe Naruto là quá dễ dàng.

Và dù là một shounen huyền thoại nhưng cái làm người đọc nhớ đến nhiều nhất sau khi truyện kết thúc chính là trận chiến giữa các fandom, Kishimoto đã ghép cặp các nhân vật vô tội vạ, khiến Naruto kết thúc không khác gì một bộ romance cẩu huyết. Naruto kết thúc một cách lãng xẹt, có hậu nhưng không có ý nghĩa.

Thậm chí, trong một cuộc phỏng vấn ngắn với tờ báo Asahi Shimbun tại Nhật Bản sau khi kết thúc bộ truyện tranh đình đám, họa sĩ Masashi Kishimoto đã hé lộ một điều khá bất ngờ, đó là anh chưa thực sự cảm thấy hài lòng với đoạn kết này của mình.

Tên nhân vật thường vay mượn từ văn hoá dân gian Nhật Bản và văn học (như cái tên vay mượn từ truyện dân gian Jiraiya Goketsu Monogatari), hay là sự chơi chữ phức tạp; thường có một sự ảnh hưởng của câu chuyện phía sau cái tên của nhân vật.[9]

Trong lúc sáng tác câu chuyện Naruto, Kishimoto xem qua các bộ manga shōnen khác để tìm ảnh hưởng cho sáng tác của mình, tuy nhiên anh muốn làm cho nhân vật của mình càng độc đáo càng tốt.[10] Việc chia các nhân vật thành các nhóm là vì ý định cho mỗi nhóm một nét đặc trưng. Kishimoto muốn mỗi thành viên đều "cực đỉnh", có năng khiếu tuyệt diệu trong một thuộc tính nhưng lại không có tài gì trong thuộc tính khác."[11] Việc thêm nhân vật ác vào câu chuyện chủ yếu để chúng đối nghịch lại với giá trị tinh thần của nhân vật này. Kishimoto đã thừa nhận rằng việc tập trung minh hoạ sự khác biệt giữa các giá trị là trung tâm của việc tạo dựng nhân vật ác đến mức, "Thật sự tôi không nghĩ đến chúng khi chiến đấu."[12]

Lúc vẽ nhân vật, Kishimoto đi theo quá trình 5 bước mà anh luôn theo: ý tưởng và phác thô, vẽ nháp, vẽ bút mực, vẽ bóng, và tô màu. Anh luôn theo những bước này khi vẽ bộ manga thực sự và tạo màu mà thường dùng để trang trí bìa của truyện bộ (‘’tiếng Nhật:’’ tankōbon), bìa của Shonen Jump Hàng tuần, hay các sản phẩm khác, nhưng bộ dụng cụ mà anh dùng thì lại thay đổi.[13] Ví dụ, anh sử dụng một cây airbrush để vẽ hình minh hoạ cho bìa Shonen Jump Hàng tuần, nhưng anh đã quyết định không sử dụng nó trong tương lai chủ yếu vì nhu cầu bôi xoá.[14]

Kishimoto nói thêm vì Naruto diễn ra trong một "thế giới giả tưởng kiểu Nhật Bản" nên tác giả đã phải "đặt ra vài quy định một cách có hệ thống" để anh có thể "truyền tải câu chuyện". Kishimoto muốn "vẽ lên" truyền thống hoàng đạo Trung Hoa đã có mặt lâu đời ở Nhật Bản; thủ ấn theo hoàng đạo bắt nguồn từ nó. Dù cho khoa học kỹ thuật tồn tại, Kishimoto nói rằng Naruto không có bất kì súng ống nào. Anh nói anh có thể thêm vào xe cộ, máy bay, và máy tính "năng suất thấp"; Kishimoto khẳng định rằng máy tính này "có thể" là 8-bit và "chắc chắn" sẽ không có 16-bit.[15]